Der
staatlich anerkannte Wein- und Erholungsort Markelsheim blickte 2004 auf
eine 950 Jahe urkundlich gesicherte Vergangenheit zurück.
Die erste Erwähnung ist in einer Urkunde des Kaisers Heinrich III. 1054, indem er das Reichslehen dem Grafen Emehard von Rothenburg-Comburg überträgt.
Bereits 1096 wird der Weinbau auf Markelsheimer Markung beurkundet. Er war spätestens seit dieser Zeit von großer Bedeutung für die Bevölkerung und prägte das Landschaftsbild im mittleren Taubertal, im Norden Württembergs bis in die Gegenwart.
Von 1096 bis 1398 lässt sich eine örtliche Niederadelsfamilie (der sogenannte "Ortsadel") deren "von Marcholdesheim" belegen.
Markelsheim gehörte ununterbrochen bis zur Säkularisation 1803 zum geistlichen Sprengel des Würzburger Fürstbischofes, im besonderen zum Stift Neumünster, das bereits 1130 in einer frommen Stiftung zu Markelsheimer Gütern kam.
Den
ersten Hinweis einer katholischen Orstkirche findet sich 1267, wobei Otto
von Lodeburg, Kustos und Archidiakon von Würzburg, dem Kämmerer
in Markelsheim den Auftrag erteilt, die von dem Stift Neumünster
abgeordneten Kanoniker in den Besitz der von dem Bischof Iring von Würzburg
diesem Stift einverleibten Kirche in Igersheim einzuführen. 1303
wurden die Markelsheimer als "Leute des heiligen Kilian" genannt.
Bis heute wurden alle Pfarrkirchen Kilian geweiht.
Über diese Linie Rotehnburg-Comburg kam Markelsheim zum Fürstenbistum Würzburg, Die "Herren von Markelsheim" wurden von Würzburg und den Hohenloher von Brauneck als unmittelbare Landesherrn belehnt.
Mit dem Aussterben der Linie Hohenloher-Brauneck vom "Neuhaus" kam Markelsheim über Verpfändungen der Grafen von Schwarzburg schließlich mit dem gesamten Amt Neuhaus 1431 zum Deutschen Orden, der in Mergentheim saß.
Mit
dem 14. bis ins 18. Jahrhundert begann auch die Bedeutung Markelsheims
als Zehntgerichtsort für das Amt Neuhaus und Umgebung. 1365 gibt
Bischof Albrecht von Würzburg mit deinem Neffen Gottfried von Hohenlohe
volle Gewalt in Betreff des Halsgerichts und der Cent in Markelsheim,
Mergentheim und Igersheim. 1409 gestattet Günther von Schwarzburg
den Deutschherren, in Markelsheim "Rad und Galgen zu errichten".
Während der Zeit des 30jährigen Krieges litt der Ort ganz besonders. Nicht nur durch die Durchzüge kaiserlicher und schwedischer Truppen, sondern auch durch das Pestjahr 1626 mit 650 Toten. Es reduzierte die Bevölkerung auf ein Drittel. Zwischen 1628 und 1631 fielen dann nochmals mehr als 80 Personen dem Hexenunwesen zum Opfer.
Von 1303 bis 1803 hielt das Stift Neumünster einen begüterten Fronhof mit Amts- und Kalterhaus, während der Deutschorden bis 1809 seinen Sitz auf dem Engelsberg mit Zehntkeller und Bandhaus hatte.
Mit den politischen Veränderungen dieser Jahre wurde nach Aufhebung des Deutschen Ordens das Fürstentum Mergentheim mit Markelsheim 1809 dem Königreich Württemberg zugeschlagen und gehörte fortan zum Oberamt Mergentheim.
Der Übergang an Württemberg verlief nicht kampflos. Wegen Widerstands gegen die neuen "Herren" wurden einige Markelsheimer hingerichtet. Diese Wunden verheilten nur langsam.

Der an Landwirtschaft und Weinbau ausgerichtete Flecken hatte in rund
500 ha Gemeindewald bei über 1500 ha Markungsfläche lange Zeit
eine gute wirtschaftliche Grundlage.
In den beiden Kriegen des letzten Jahrhunderts, wo Markelsheim viele Opfer
zu beklagen hatte, ging es in den 50er-Jahren durch verstärkte Bautätigkeit
wirtschaftlich aufwärts.
Zuerst musste 1952/53 eine neue Tauberbrücke gebaut werden. Danach folgte 1957 die Turnhalle, 1958 ein neues Schulhaus auf dem Engelsberg, 1959 eine neue Pfarrkirche für 600 Pesonen, 1962 die erste Kläranlage. Es wurden am Tauberberg (1956 bis 1958), Klinge (1968) und Roggenberg (1977) Rebflurbereinigungen durchgeführt.
Um den alten Ortskern herum wurden in den letzten Jahrzehnten große Wohnbaugebiete erschlossen, die bevorzugte Wohnlagen schufen. Die 1988 abgeschlossene Ortssanierung war sehr wertvoll für die Weiterentwicklung zu einem attraktiven Wein- und Erholungsort, welcher 1988 staatlich prädikatisiert wurde.
Durch
die Schulreform von 1970 blieb dem Ort nur noch eine Grundschule. Mit
der Eingemeindung nach Bad Mergentheim 1972 nahm Markelsheim Abschied
von der Eigenständigkeit und ziehrt heute als größter
Stadtteil die Deutschordensstadt Bad Mergentheim mit seinem Weinbau und
als Fremdenverkehrsort mit ausgezeichneter Gastronomie.
Die über 2000 Einwohner zählende Bevölkerung ist zu 75 Prozent katholisch. Markelsheim hat überdurchschnittlich viele Vereine und man versteht Feste zu feiern.
Das Gemeindejubiläum im Jahr 2004 wurde mit einem großen Rahmenprogramm mit historischem Dorffest am 10. und 11. 07.04 gefeiert.